Tampereen seudun osaamiskeskusohjelman perusrahoitus koostuu valtakunnallisesta ja seudullisesta rahoituksesta (1:1). Osaamiskeskusohjelman seudullisesta rahoituksesta vastaavat Tampereen kaupunki ja seudun kunnat väkilukujensa suhteessa.
Kansallinen rahoitusosuus ohjelmaan tulee Pirkanmaan Liitolta. Osaamiskeskusohjelmassa käynnistetyt kehityshankkeet rahoitetaan yritysrahoituksella ja julkisten rahoituskanavien, kuten Tekesin tai EU:n kautta.
